Okupacijų metais Garliava ir jos gyventojai labai nukentėjo. Vokiečių okupantai 1941m. rugpjūčio 28 d. Rinkūnuose, netoli Jiesios, sušaudė Garliavos gyventojus - žydus. Sovietinės okupacijos metais 1941m. birželio 14 d. ir 1948-1949m. šimtai garliaviečių buvo ištremti į Sibirą. Pirmieji tremtiniai (1941 m. birželio 14d.) buvo A.Mitkus su šeima, A.Keturakis su žmona, Juozas Jalinskas, Jakštų, Keturakių (Garliava), Kulikauskų, Mockevičių, Markauskų, Rutkauskų, Žilinskų ir kt. šeimos.
Pokario metais Garliavos apylinkėse vyko aktyvi rezistencinė kova. Čia veikė Tauro apygardos Birutės rinktinė ( vadas Juozas Lukša). Žymesni partizanų susirėmimai su stribais ir enkavedistais vyko 1945m. kovo 5 d. ties Jurginiškių kaime, o 1946m. pabaigoje - ties Juodgiriu, kur enkavedistai ir stribai užpuolė partizano Žvangučio keliolikos vyrų būrį. Nukovę 23 užpuolikus, partizanai pasitraukė, tačiau žuvo Žvangutis ir 6 kovotojai. Žuvusiųjų partizanų kūnai buvo vežami į Garliavos ´stribyno´ kiemą atpažinimui ir patyčioms. Dabar šioje vietoje 198 m. spalio 29 d. Lietuvos tremtinių sąjungos Garliavos skyriaus iniciatyva pastatytas koplystulpis lietuvių tautos kančiai atminti. Skulptorius - A. Teresius.
1951 m. rugsėjo 4 d. pavadinta vardu, o mokyklai 1994 m. suteiktas J. Lukšos vardas (dabar - J.Lukšos III vidurinei gimnazijai). Pabartypyje, netoli Garliavos, žuvo partizanas vadas Juozas Lukša. Jam atminti 1989m. viena Garliavos gatvių pavadinta J. Lukšos vardu.
Atgimimo laikotarpiu (1988-1990m) Garliavos gyventojai aktyviai įsijungė į atgimimo judėjimą. Dar 1988m. vasarą Garliavoje įsikūrė pirmoji Sąjūdžio grupė, labai aktyviai vadovaujama Ričardo Gudaičio. Sąjūdžio veikloje aktyviai dalyvavo A.Drulia, V.Andriuškevičius, Mindaugas Babonas ir jo sūnus Mindaugas, V.Žindžius, K.Mickevičius, P.Petraitis, St.Taškus, A.Varanauskas, E.Dzidolikienė, J.Žemaitienė, O.Kondrotienė ir kt.
Sąjūdžio veiklą rėmė klebonas monsinjoras Andrius Gustaitis.
Seniūnijos perspektyvos:
Būdama netoli Kauno, prie Via Baltica automagistralės ir tarpvalstybinio geležinkelio magistralės, Garliava, gyventojų skaičiumi viršijanti ne vieną Lietuvos savivaldybės centrą, turi dideles perspektyvas.
Vykstant šalies administracinei teritorinei reformai Garliava turi geras galimybes tapti savivaldybės centru.
Gyventojų poreikiams būtina įkurti dar vieną mokyklą, pakloti vandentiekio ir kanalizacijos tinklus, išasfaltuoti gatves. Tam teks pasitelkti ir nevalstybinių bei užsienio fondų lėšas.
Ugdant miesto bendruomenę, vystant jaunimo sugebėjimus perspektyvoje bus siekiama kultūros veiklai teikti lavinimo, integracijos į informacinę visuomenę prioritetą, skatinti modernių technologijų diegimą versle, paslaugų ir vartojimo sferose.